Von seiner ursprünglichen Funktion als Bahnhof ist heute nicht mehr viel zu erkennen. Bei seiner Eröffnung im Jahr 1863 verfügte der Bahnhof über ein von italienischen Arbeitern großzügiges in Sandstein errichtetes dreistöckiges Empfangsgebäude. Wegen der schlechten Ausführung musste der dritte Stock noch vor der Jahrhundertwende wieder abgetragen werden. Zusammen mit den beiden Stellwerken wurde es 1978 abgerissen. Als Ersatz folgte ein Zweckbau aus Beton mit Unterführung zum neuen Mittelbahnsteig Beton das zwischen 18.07.1978 und 07.05.1995 ein Drucktastenstellwerk beherbergte. Eine Funktion als Empfangsgebäude für die Reisenden hatte es nie inne. Der Wasserturm zur Versorgung der Lokomotiven ist schon seit 1962 Geschichte.
Zwischen 1901 und 1987 hatte hier die Nebenbahn vom thüringischen Sonneberg ihren Endhalt so daß Stockheim gewissermassen bayerisch/thüringischer Gemeinschaftsbahnhof war. Die Grenze der RBD Erfurt endete erst 0,62 km vorher. Nach 1945 wurde dieser Teil der RBD Nürnberg zugeschrieben. Nach der deutschen Teilung fuhren die Züge ab 1948 nur noch bis Burggrub. Der Personenverkehr endete 1972 und die Bedienung des dortigen Porzellanwerks 1987. Mit dem Wiederaufbau des zweiten Gleises nach der Wende und den Rückbau der Nebengleise erinnert heute nichts mehr an seine ursprüngliche Funktion als Bahnhof.
Chronik der Strecke Hochstadt-Marktzeuln (Frankenwaldbahn):
- 20.02.1861 Hochstadt-Marktzeuln - Gundelsdorf (Eröffnung)
- 01.03.1863 Gundelsdorf - Stockheim (Eröffnung)
- 08.08.1885 Stockheim - Ludwigsstadt (Eröffnung)
- 01.10.1885 Ludwigsstadt - Probstzella (Eröffnung)
- 15.05.1939 Hochstadt-Marktzeuln - Probstzella (Aufnahme elektrischer Betrieb)
Chronik der Strecke Sonneberg Ost - Stockheim (Oberfr):
- 15.12.1900 Sonneberg Ost - Neuhaus-Schierschnitz (Eröffnung)
- 01.07.1901 Neuhaus-Schierschnitz - Stockheim (Oberfr) (Eröffnung)
- 03.07.1945 Neuhaus-Schierschnitz - Burggrub (Einstellung Gesamtverkehr)
- xx.12.1946 Sonneberg Ost - Neuhaus-Schierschnitz (Wiederaufnahme Personenverkehr)
- 05.09.1948 Burggrub - Stockheim (Oberfr) (Wiederaufnahme Personenverkehr)
- 24.09.1967 Sonneberg Ost - Neuhaus-Schierschnitz (Einstellung Personenverkehr)
- xx.10.1970 Sonneberg Ost - Neuhaus-Schierschnitz (Einstellung Gesamtvekehr)
- 30.09.1972 Burggrub - Stockheim (Oberfr) (Einstellung Personenvekehr)
- 28.02.1987 Burggrub - Stockheim (Oberfr) (Einstellung Gesamtverkehr)
